La troisième partie bascule dans la science-fiction pour permettre à Swift de se livrer à une réjouissante satire des fausses sciences modernes, et de dénoncer, par le jeu des métaphores, l'oppression politique : l'île de Balnibarbi risque effectivement d'être écrasée par Laputa, curieuse île volante qui exerce sa domination en privant les rebelles de soleil ou en menaçant de se laisser tomber sur eux.

Dans une autre île, celle des Struldbruggs, le rêve d'immortalité de l'homme bascule dans l'horreur d'un vieillissement inéluctable.

Lors de son quatrième voyage, Gulliver se trouve confronté à un monde à l'envers où ce sont les Houyhnhnms, peuple de chevaux gouvernés par leur seule raison, qui règnent en maîtres sur les Yahoos, créatures à l'apparence humaine et au comportement bestial que Gulliver prend en horreur : le véritable «animal raisonnable» n'est pas celui qu'on pense.

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